Das Präsidenten-Amt übernahm Böhmer 1997 von Werner Göhner, nachdem er zuvor schon als 1. Vizepräsident im BDR agierte, und leitete die Geschicke des Verbandes bis 2001. In seine Amtszeit als BDR-Präsident fallen unter anderem die erfolgreiche Wiederbelebung der Deutschland-Tour 1999, die Rückkehr des Weltcup-Status für ein deutsches Straßenrennen und die großen sportlichen Erfolge bei Weltmeisterschaften und Olympischen Spielen. Hinzu kommt mit der Bahn-WM in Berlin und der Hallenradsport-WM in Böblingen auch die erfolgreiche Abwicklung zweier Weltmeisterschaften auf deutschem Boden.

2000 wurde der gelernte Kaufmann vom Radsport-Weltverband UCI für die Olympischen Spiele in Sydney in die Jury d'Appel, die höchste Instanz im Wettkampfbereich, berufen.

Im Jahr 2000 wurde Manfred Böhmer zudem von der UCI mit der höchsten Auszeichnung des Weltradsportverbandes geehrt und erhielt den «Merit UCI», unter anderem für seine Arbeit in der Bahnkommission des Weltverbandes. Vom BDR-Hauptausschuss wurde Böhmer, der 2001 mit seinem Rücktritt vom Präsidentenamt auch alle Ämter im Radsport niederlegte, zum Abschluss seiner fast 20-jährigen Funktionärskarriere zum BDR-Ehrenmitglied ernannt.

Rund ein Jahrzehnt (ca. 1965 bis 1973) wurden fast alle Nationalfahrer mit Peugeot-Rädern und Trikots ausgestattet und danach noch einmal die PSV Köln Gruppe um Trainer Dieter Koslar. Chef der Firma Peugeot Cycles Deutschland war Manfred Böhmer. In seiner Firma in Radevormwald empfing er praktisch täglich die Nationalfahrer, die mit ihren Problemen oder Wünschen ins Bergische Land reisten. Alle waren von der Korrektheit und dem Fachwissen des Verstorbenen angetan. Manfred Böhmer war mit seiner Firma Peugeot der erste und fast einzige Großsponsor im Amateurbereich in Deutschland. Jahrelang sah man überwiegend das weiß-karierte Trikot auf den Siegertreppchen der Republik. Auch unter seinen Mitarbeitern befanden sich mit Jupp Ahrens oder Hubert Rosiejak bekannte Persönlichkeiten des deutschen Radsports. Einer ganzen Generation von Radsportlern wird Manfred Böhmer in dankbarer Erinnerung bleiben.

«Mit Manfred Böhmer verliert der deutsche Radsport einen ganz großen Förderer, Mäzen und Funktionär. Böhmer war ein bemerkenswerter Radsportfan und herausragende Persönlichkeit. Der BDR, der Radsport insgesamt und viele Einzelsportlerinnen und Einzelsportler habe ihm viel zu verdanken», so BDR-Präsident Rudolf Scharping.

Zuletzt lebte Manfred Böhmer vom Radsport zurückgezogen in Wermelskirchen im Bergischen Land in Nordrhein-Westfalen.