Nachdem Müller als Rennfahrer bei der BSG Lok Cottbus selbst einige Erfolge eingefahren hatte, übernahm er 1971 den Trainerposten bei der neugegründeten Radsport-Sektion des SC Cottbus. Damit begann eine lange Erfolgsgeschichte. Unter anderem hatte er dort direkt die späteren WM- und Olympiasieger Lutz Heßlich, Lothar Thoms, Volker Winkler und auch Detlef Uibel - heute Sprint-Bundestrainer beim BDR - unter seinen Fittichen. Kurz darauf absolvierte Müller an der DHfK Leipzig ein Sportstudium, um das Training weiter optimieren zu können.

Von 1976 bis zur Wende arbeitete Müller als Nationaltrainer der DDR, neben Heßlich und Co., den er auch als Heimtrainer unterstützte, leitete Müller nun auch Spitzenrennfahrer wie Jens Fiedler, Jens Glücklich und Michael Hübner an. Seine Sportler holten unzählige WM- und Olympia-Titel sowie Medaillen. Besonders stolz war er aber auf die Erfolge «seiner» Cottbuser Rennfahrer: «Die als Nationaltrainer zählen irgendwie nicht, da habe ich ja bloß Hilfestellung gegeben», sagte Müller vor einigen Jahren gegenüber der «Lausitzer Rundschau».

Nach der Wiedervereinigung engagierte sich Gerd Müller im brandenburgischen Radsportverband, ehe er von 1991 bis 1994 drei Jahre als Nationaltrainer in Österreich arbeitete. Auch danach ließ ihn der Radsport nicht los, obgleich er sich zwischenzeitlich mit einer Sport- und Handelsagentur selbstständig gemacht hatte. Müller trainierte weiterhin Sportler, auch aus dem Ausland, und beriet in Ernährungsfragen, organisierte aber auch Radsportveranstaltungen. Er hinterlässt seine Frau und zwei erwachsene Töchter.