Der Universitätsleitung um Schiewer wird vorgeworfen, dass die Unabhängigkeit der Kommission nicht gewährleistet wurde und man sich sogar in die Arbeit einmische. Ein Ultimatum, in dem von Schiewer verlangt wurde, die Forderungen zu Unabhängigkeit des Gremiums anzuerkennen, lief aus und ein Gesprächsangebot Schiewers nahm das Gremium nicht mehr an.

Die Uni Freiburg zeigte sich in ihrer Stellungnahme empört: «Wir sind darüber hinaus über den Zeitpunkt des Rücktritts mehr als verwundert, da sich die Kommission nach eigenen Angaben auf der Zielgeraden befunden hatte. Nach neun Jahren Arbeit und Ausgaben von weit über einer Million Euro an öffentlichen Geldern des Universitätsklinikums, hätten wir mit einem Abschlussbericht rechnen dürfen.» Stattdessen wolle man sich nun selber um die Aufkärung kümmern: «Wichtig ist jetzt, dass das bisher zusammengetragene Material gesichert wird und der geplanten 'Forschungsstelle Sportmedizin' der Universität Freiburg und des Universitätsklinikums übergeben werden kann. Hier kann dann hoffentlich vollendet werden, was die Kommission nicht geschafft hat».

Aber auch die bisherigen Kommissionsmitglieder wollen ihre Aufklärungsarbeit weiter fortsetzen: «Alle Kommissionsmitglieder fühlen sich der Aufklärung von Dopingvorgängen und wissenschaftlichem Fehlverhalten in der Sportmedizin auch weiterhin verpflichtet. Im Rahmen ihrer jeweiligen wissenschaftlichen Tätigkeit werden sie weiter dazu beitragen, dass die Dopingaufklärung in Deutschland und darüber hinaus fortgeführt wird», heißt es in einer Stellungnahme.

Die «Unabhängige Evaluierungskommission Freiburger Sportmedizin» war 2007 gegründet worden und untersuchte die Vergangenheit der Freiburger Sportmedizin um die stark umstrittenen Professoren Joseph Keul und Armin Klümper. Die Sportärzte sollen dort unter anderem die Radprofis des früheren Teams Telekom/T-Mobile über Jahre systematisch gedopt haben.