Die sechste und letzte Etappe führte bei herrlichem Sommerwetter und hohen Temperaturen über ein sehr anspruchsvolles, bergiges Gelände. Hier hätte es möglicherweise noch Veränderungen in der Gesamtwertung geben können, aber schon nach 15 Kilometern lösten sich hinter Ronneburg neun Fahrerinnen aus dem Peloton, darunter die beiden Thüringerinnen Vera Hohlfeld und Liane Bahler. Während die erfahrene Vera Hohlfeld an der Spitze nur mitrollte und damit der Taktik ihrer Equipe Nürnberger Versicherung zur Sicherung des Ehrenplatzes von Jenny Algelid entsprach, hatte Liane Bahler als bestplazierte Fahrerin in der Gesamtwertung eine Verbesserung ihres bislang 20. Ranges vor Augen und setzte sich entsprechend bei der Führungsarbeit ein.

Als diese Gruppe nach 40 Kilometern beim Ausflug nach Sachsen die von Zuschauern dicht gesäumte Steile Wand von Meerane meisterten, hatten die Frauen bereits 2:50 Minuten herausgefahren. Die Schwedin Madeleine Lindberg, amtierende Straßenmeisterin ihres Landes, kletterte hier am besten und gewann die Bergwertung vor der überraschend starken, aber wohl durch die Temperaturen von 28 Grad beflügelten Brasilianerin Janilda Silva Fernandez, und der Erfurterin Vera Hohlfeld, die hier Heimvorteil genoß, weil sie als Mädchen in Meerane häufig bei ihrer Großmutter zu Gast war.

Dicht dahinter kämpften sich über die Kopfsteinplasterstadt die anderen Ausreißerinnen: Liane Bahler, Sharon van Essen, Solrun Flataas, Malgorzata Vysocka, Francis Lindhorst und Erika Vilunaite. Die beiden letztgenannten vermochten nach zwei Dritteln der Etappe nicht mehr zu folgen und fielen zurück, während an der zweiten Bergwertung in Hohenleuben bei Kilometer 96 erneut die Schwedin Lindberg attackierte und von dort aus allein dem Ziel in Zeulenroda entgegenstrebte.

In der Schlussphase riss auch die Verfolgergruppe noch auseinander, so dass sich hinter der Tagessiegerin Madeleine Lindberg die Norwegerin Solrun Flataas mit 46 Sekunden Rückstand ebenfalls im Alleingang den Ehrenplatz sicherte. Vera Hohlfeld holte sich mit 1:10 Minuten an der Spitze der kleinen Gruppe den dritten Tagesrang, und Liane Bahler wurde Fünfte und verbesserte sich dank ihres Einsatzes noch bis auf Rang neun der Gesamtwertung.

Das Hauptfeld hatte noch einmal für Tempo gesorgt und 2:40 Minuten nach der Tagessiegerin jagte Olga Sloussarewa, die Weltmeisterin im Punktefahren vor Angela Brodtka (Team Red Bull Frankfurt/Oder) als Tagesachte über die Ziellinie. In dem großen Pulk lagen alle in der Gesamtwertung vorn platzierten Fahrerinnen, einschließlich der Gesamtsiegerin Zoulfia Zabirowa, so dass es bis auf Bahlers Vorrücken keine Veränderungen gab.

Zoulfia Zabirowa, die zum zweiten Male bei dieser Thüringen-Rundfahrt dabei war, und 1998 bereits Rang vier erkämpft hatte, war glücklich über den Erfolg, für den sie wie im Vorjahr Mirjam Melchers bereits auf der ersten Etappe mit einem Soloritt den Grundstein gelegt hatte. Entscheidend bei der Abwehr aller Angriffe der Kontrahentinnen aber war die fünfte Etappe Rund um Schmölln. Als die vorausfahrende Schwedin Jenny Algelid dank ihres Vorsprungs schon nach dem Gelben Trikot griff, attackierte sie in der Verfolgergruppe mit allen weiteren vorn Plazierten so energisch, dass diese nicht mehr mithalten konnten und Zoulfia Zabirowa dank einer tollen Verfolgungsfahrt ihr Gelbes Trikot der SparkassenVersicherung in der Gesamtwertung doch noch behaupten konnte.

In den Sonderwertungen der Fahrt machte die Russin Olga Sloussarewa ihrem Beinamen „Schnellste Frau der Welt“, sie hält seit zehn Jahren den 200-Meter-Weltrekord auf der Bahn, alle Ehre und sicherte sich überlegen das Sprinttrikot der Sparkasse Hessen-Thüringen. Zugleich gewann sie auch die Kombinationswertung als vielseitigste Fahrerin Thüringen-Rundfahrt, während die Italienerin Alessandra Cappellotto vom Team Powerplate Bik sich in der Bergwertung durchsetzte.

Beste Nachwuchsfahrerin der Rundfahrt war die Litauerin Modesta Vzezniauskaite, die sich an allen Tagen im Vorderfeld platzieren konnte und einen hervorragenden achten Rang in der Gesamtwertung eroberte.

Vom Schirmherrn der Rundfahrt, dem Thüringer Minister für Soziales, Familie und Gesundheit, Dr. Frank-Michael Pietzsch, der die letzte Etappe begleitet hatte, wurden am Ziel in Zeulenroda mit dem langjährigen Gesamtleiter der Fahrt, Reiner Späth aus Gera und dem Organisator Werner Saller zwei besonders verdienstvolle Mitarbeiter der Thüringen-Rundfahrt aus Altersgründen in den Ruhestand verabschiedet.

Die Ergebnisse der sechsten Etappe über 122 Kilometer von Gera nach Zeulenroda der Übersicht:

1. Madeleine Lindberg (Farm Frites Hartol) 3:16:51 Stunden
2. Solrun Flataas (Sponsor Services/NOR) 46 Sekunden zurück
3. Vera Hohlfeld (Equipe Nürnberger Versicherung) 1:10 Minuten zurück
4. Sharon van Essen (Niederlande Nationalteam) 1:13 Minuten zurück
5. Liane Bahler (Team Euregio Egrensis)
6. Janilda Silva Fernandes (Acca Due)
7. Malgorzata Wysocka (Team Bonda Lukowski) 1:18 Minuten zurück
8. Olga Sloussarewa (Team Itera) 2:40 Minuten zurück
9. Angela Brodtka (Team RED BULL Stadtwerke Frankfurt/Oder)
10. Modesta Vzezniauskaite (Acca Due)
11. Susanne Ljungskog (Vlaanderen T-Interims Ladies Team)
12. Mirjam Melchers (Farm Frites Hartol)
13. Judith Arndt (Saturn Cycling Team)
14. Katia Longhin (Acca Due)
15. Alessandra Cappellotto (Powerplate Bik)
16. Bogumila Matusiak (Team Bonda Lukowski)
17. Julia Martisowa (Team Itera)
18. Jenny Algelid (Equipe Nürnberger Versicherung)
19. Zoulfia Zabirowa (Powerplate Bik)
20. Indre Januleviciute (Acca Due)
21. Trixi Worrack (Team RED BULL Stadtwerke Frankfurt/Oder)
22. Arenda Grimberg (Farm Frites Hartol)
23. Theresa Senff (Team Euregio Egrensis)
24. Walentina Polchanowa (Team Itera)
25. Rita Gunn Dahle (Sponsor Services/NOR) alle gleiche Zeit

Gesamtwertung nach sechs Etappen:

1. Zoulfia Zabirowa 16:48:25 Stunden
2. Jenny Algelid 12 Sekunden zurück
3. Mirjam Melchers 2:23 Minuten zurück
4. Judith Arndt 2:52 Minuten zurück
5. Trixi Worrack 2:53 Minuten zurück
6. Susanne Ljungskog 2:57 Minuten zurück
7. Walentina Polchanowa 3:09 Minuten zurück
8. Modesta Vzezniauskaite 3:40 Minuten zurück
9. Liane Bahler 6:05 Minuten zurück
10. Theresa Senff 6:36 Minuten zurück
11. Olga Sloussarewa 6:56 Minuten zurück
12. Alessandra Cappellotto 7:05 Minuten zurück
13. Arenda Grimberg 7:09 Minuten zurück
14. Sharon van Essen 7:11 Minuten zurück
15. Bogumila Matusiak 7:27 Minuten zurück
16. Katia Longhin 7:29 Minuten zurück
17. Sabine Spitz (BDR-Nationalmannschaft) 7:31 Minuten zurück
18. Angela Brodtka 7:32 Minuten zurück
19. Madeleine Lindberg 7:35 Minuten zurück
20. Areke Hassing (Niederlande) 7:42 zurück
21. Julia Martisowa (Team Itera) 7:50 Minuten zurück
22. Zita Urbonaite (Acca Due) 8:10 Minuten zurück
23. Rita Gunn Dahle 8:41 Minuten zurück
24. Tina Liebig (Team Euregio Egrensis) 8:53 Minuten zurück
25. Tanja Hennes (Equipe Nürnberger Versicherung) 9:07 Minuten zurück
26. Sarah Düster (Team Stuttgart) 9:30 Minuten zurück
27. Sandra Rombouts (Equipe Nürnberger Versicherung) 10:00 Minuten zurück
35. Nina Göhl (BDR-Nationalmannschaft) 10:34 Minuten zurück
36. Vera Hohlfeld (Equipe Nürnberger Versicherung) 10:39 Minuten zurück
42. Daniela Kenty (Team Stuttgart) 12:31 Minuten zurück
46. Doreen Weise (Team RED BULL Stadtwerke Frankfurt/Oder) 13:51 Minuten zurück
47. Karolin Hildebrandt (Team RED BULL Stadtwerke Frankfurt/Oder) 14:05 Minuten zurück
48. Claudia Stumpf (BDR-Nationalmannschaft) 15:54 Minuten zurück
49. Christina Becker (Team RED BULL Stadtwerke Frankfurt/Oder) zurück
53. Verena Joos (team Stuttgart) zurück
58. Desiree Schuler (Team Stuttgart) zurück
61. Franziska Rippin (Team Euregio Egrensis) zurück

Insgesamt 62 Fahrerinnen von 97 Starterinnen beendeten das Rennen.