Spät aus französischer Kriegsgefangenschaft heimgekehrt, nahm er das Training 1951 bei der BSG Einheit Berliner Bär. Diesem Team – das den Grundstock für den SC Einheit und später TSC Berlin bildete - blieb er als Aktiver, Trainer, Cheftrainer und nach seiner Pensionierung als Betreuer und Helfer treu. «Hugo» Malitz war ein vielseitiger, erfolgreicher Radsportler, der auf Bahn und Straße brillierte.

Obwohl er auf der Bahn im Sprint, 1000 m Zeitfahren, mit dem Bahnvierer, auf dem Tandem und im Zweier-Mannschaftsfahren zahlreiche Medaillen und fünf DDR-Meistertitel errang, war er auch auf der Straße erfolgreich. Nach dem spektakulären Erfolg im Rund in Berlin (West) 1953 errang er 1954 und 1955 DDR-Meistertitel im 100-km-Mannschaftsfahren und 1957 den Gesamtsieg in der internationalen Ägypten-Rundfahrt. Bei der DDR-Rundfahrt war er Fünfter (1954) und mehrfacher Tagessieger sowie Gewinner der Klassiker Berlin – Cottbus – Berlin (bis Lübben gefahren) und Berlin – Angermünde – Berlin.

Ein schwerer Sturz mit Schädelbasisbruch stoppte zeitweilig die Erfolgskurve des Berliners, der 1956 zum gesamtdeutschen Olympiaaufgebot für Melbourne gehört hatte und mit dem Bahnvierer gestartet war.

Auch auf der Berliner Winterbahn (wo heute das Velodrom steht) war Werner Malitz in Mannschaftsrennen und in Länderkämpfen ein gefragter Mann. Er gewann über 20 Mannschaftsrennen, darunter 1958 den Saisonmarathon «1001 Runde» mit Siegfried Köhler und Dieter Lüder.

Nach seiner aktiven Laufbahn war er von 1959 bis 1974 als Trainer beim SC Einheit Berlin bzw. TSC Berlin, dabei auch Disziplintrainer des Deutschen Radsport-Verbandes der DDR für Tandem und Sprint. Von 1974 bis 1990 wirkte er als Cheftrainer Radsport im TSC Berlin. Als 63-Jähriger war Malitz 1990 in den Vorruhestand gegangen, stellte sich aber über Jahre für die jungen Akteure des Berliner KED-Bianchi-Teams immer wieder als Betreuer und Helfer zur Verfügung.